Die Synagoge im Wertheimerhaus, ursprünglich die Privatsynagoge des Oberhoffaktors Samson Wertheimer (1658–1724), ist eine der wenigen im deutschen Sprachraum, die weder der Reichspogromnacht 1938 noch der späteren Zeit zum Opfer fielen. Diese ca. 70m2 große Synagoge ist die älteste in ihrer ursprünglichen Funktion erhaltene Synagoge Österreichs. Sie ist auch die einzige Synagoge des Burgenlandes, welche eingeweiht ist und für Gottesdienste genutzt wird. Das Errichten einer Privatsynagoge war typisch für die Zeit der Hofjuden, also jener besonders privilegierten, finanzkräftigen und kreditfähigen Juden, die nach der Vertreibung der Juden aus Wien im Jahr 1670 eine Aufenthaltsgenehmigung bekamen. Es war ihnen trotz ihrer angesehenen Stellung nicht erlaubt eine Gemeinde zu gründen und öffentlich zugängliche Synagogen zu bauen, weshalb sie ihre Gottesdienste in den Privatsynagogen ihrer Häuser abhielten. Bis 1840 verfügte die Synagoge über einen eigenen Rabbiner; später nutzte sie die Familie Wolf und ab 1850 die jüdische Jugend des Viertels. Dass das Bauwerk die NS-Zeit überstand, liegt einerseits am Einsatz des damaligen Eisenstädter Bürgermeisters, und andererseits daran, dass die burgenländischen Juden bereits früh vertrieben wurden. Da im November 1938 keine jüdische Gemeinde mehr in Eisenstadt existierte, blieb das Haus von Zerstörungsakten verschont. Nach 1945 nutzten sowjetische Soldaten und der zurückgekehrte Überlebende Moritz Gabriel das Bethaus. Nach dem Kauf des Gebäudes durch den Verein ‚Österreichisches Jüdisches Museum in Eisenstadt‘ begann 1978 die Renovierung der Synagoge; am 13. Juni 1979 wurde die Synagoge neu geweiht und steht seither wieder für Gottesdienste, Feste und kulturelle Anlässe zur Verfügung. Aus dem Synagogeninventar werden vor allem die Jahrzeitlichter und Jahrzeittafeln digitalisiert. Diese waren ursprünglich in der großen Gemeindesynagoge Eisenstadts beheimatet, doch weil diese nach dem Zweiten Weltkrieg abgerissen wurde, werden sie heute in der Synagoge im Wertheimerhaus aufbewahrt.